CTIF был создан на основании Постановления Правительства №. 125 от 06.02.2018 г. в результате реорганизации государственных предприятий (ГП) «Fintehinform», «Fiscservinform» и «Vamservinform». Реорганизация проводилась путем преобразования " Fintehinform " в новое государственное учреждение CTIF и объединения (присоединения)ГП "Fiscservinform" и ГП "Vamservinform" с CTIF. Процесс реорганизации закончился 1 августа 2018 г., когда был завершен процесс внесения необходимых поправок в кадастровые и учредительные документы CTIF.
Учреждение было создано в контексте осуществляемой Правительством реформы государственной системы управления в целях надлежащего выполнения ф функций и услуг, предоставляемых ранее реорганизуемыми государственными предприятиями «Fintehinform», «Fiscservinform» и «Vamservinform».
ГП "Fintehinform" действовало в период с июня 2005 г. по июль 2018 г. Его основной задачей было администрирование и развитие информационных систем управления государственными финансами. ГП " Fiscservinform " функционировало в период с сентября 2008 г. по июль 2018 г. В его ведении находилось управление и развитие интегрированной информационной системы Государственной налоговой службы и электронных налоговых услуг. Основной задачей ГП «Vamservinform», действовавшей в период с марта 2011 г. по июль 2018 г., являлось администрирование и обеспечение функционирования информационных систем Таможенной службы и ее подразделений.
Приказом Министерства финансов №. 165 от 1 октября 2018 г, 1 октября официально учрежден в качестве профессионального праздника - День основания государственного учреждения «Центр информационных технологий в финансах». Данное решение было принято по просьбе сотрудников CTIF в связи с 45-летней годовщиной создания вычислительного центра Министерства финансов, который поменял свой статус несколько раз и был преобразован Постановлением Правительства №. 125 от 06.02. 2018 г. в CTIF.
